Спустя несколько лет после событий первого фильма Зверополис стал ещё более современным и дружелюбным мегаполисом, привлекающим множество животных со всех уголков мира. Джуди Хопс, уже заслужившая звание лучшего детектива города, и её напарник Ник Уайлд, первый лис-полицейский, наслаждаются своей работой, пока не сталкиваются с новой загадкой. В городе начинают происходить странные исчезновения мелких животных, и на первый взгляд, эти инциденты никак не связаны друг с другом. Джуди и Ник погружаются в расследование, раскрывая сеть тайных подземных операций, проводимых криминальными организациями, которые используют исчезнувших животных для нелегальной добычи редких ресурсов. Подозрения падают на корпорацию, производящую экологически чистую энергию, чей руководитель — харизматичный, но загадочный медведь гризли по имени Гаррет Пауэрс. Гаррет выступает за инновации, но его методы вызывают сомнения. Тем временем Джуди сталкивается с личными трудностями: её семья в деревне сталкивается с финансовыми проблемами из-за упадка сельского хозяйства. Ник, в свою очередь, вынужден разобраться с тёмным прошлым, когда его старый знакомый из криминального мира пытается втянуть его в авантюру. Несмотря на напряжённые моменты, их дружба становится сильнее, а доверие друг к другу — непоколебимым. В огромном подземном комплексе, Джуди и Ник узнают, что Гаррет пытается использовать ресурсы животных для создания технологии, позволяющей управлять погодой. Однако его эксперименты представляют угрозу для всего города. Джуди и Ник разрабатывают смелый план, чтобы разоблачить Гаррета и спасти похищенных животных. Вместе с друзьями, включая Флэша и офицера Клэуэхаззла, они устраивают захватывающую погоню, наполненную юмором и неожиданными поворотами. История заканчивается триумфом справедливости и укреплением веры в то, что единство и дружба преодолеют любые преграды.